東京に住んで何年ですか？
How long have you been living in Tokyo?
シチュエーション: 家の中
「どれくらい～している？」、「～して何年？」と期間を聞くときは「have you been ~ing」を使います。「終わっていること」なら過去形、「まだ続いていること」なら完了形です。
たとえば、
もう東京に住んでなければ「How long did you live in Tokyo?（何年住んでいたの？）」と過去形、
まだ東京に住んでいれば「How long have you lived in Tokyo?（完了形）」、又は「How long have you been living in Tokyo?（完了進行形）」を使います。
完了形（have you (done)よりも完了進行形（have you been ~ing）の方が一般的に使われるし、より使いやすいです。完了形だと毎回動詞の過去分詞を考えなければならないけど、完了進行形なら「動詞＋ing」を使います。
他にも
How long have you been learning English?
（英語を習い始めてどれくらい？）
How long have you been working there?
（そこで何年くらい働いているの？）
How long have you been dating?
（付き合ってどれくらい？）
