彼がどこに行ったと思う？
Where do you think he went?
こういう表現は毎日ように使いますが、この使い方を知らない人が多いですね。「where he went」はWH名詞節ですが、「do you think」は必ずWH名詞節の間に入ります。「Do you know where he went?」のように「Do you know」はWH名詞節の前に入りますが、「do you think」は必ず間に入ります。
英語では質問が2種類あります。「Yes/No」で答えられる質問と、「Yes/No」で答えられない質問です。「Yes/No」で答えられる質問は、「疑問詞から始まらない」「語尾が上がる」という特徴が付いてきます。逆に「Yes/No」で答えられない質問は「疑問詞から始まる」「語尾が下がる」という特徴が付いてきます。
「Do you know where he went?（どこに行ったか知っている？）」は「はい、知っている」と「Yes/No」で答えられるので、疑問詞から始まらずにWH名詞節の前に入ります。「Where do you think he went?（彼がどこに行ったと思う？）」は「はい、思う」と「Yes/No」で答えられないので、疑問詞から始まります。つまり「Where」は文頭に移って、その結果「do you think」がWH名詞節の間に入りますね。
他にも
「How do you think I feel?（私がどういう気持ちだと思う？）」
「What time do you think he’s going to come?（彼は何時に来ると思う？）」
「Who do you think is going to come?（誰が来ると思う？）」
「Who do you think you are?（何様のつもり？）」など。
